碳源是微生物生長繁殖所必需的營養(yǎng)物質。微生物如同生物處理系統(tǒng)中的“工作者”，而碳源就像是它們的“食物”。在生物處理反應器中，微生物需要利用碳源來維持自身的生命活動，進行自我增殖。例如，在傳統(tǒng)的污水處理工藝中，微生物通過攝取碳源中的碳元素構建細胞物質，進而繁殖出更多的微生物個體，形成活性污泥的一部分，幫助降解污水中的有害物質，提高系統(tǒng)處理污水的能力。污水中含有大量如脂肪、當地蛋白質、本地碳水化合物、同城有機酸等的有機污染物。碳源可促進微生物生長，而微生物通過其代謝作用將這些復雜性有機物逐步降解轉化為二氧化碳和水等較為無害的物質，從而達到去除污水中有機物、當地凈化污水的目的。與此同時，有機物質的降解會產生氫離子，如果pH值過低則對微生物生長和代謝產生不利作用，不過碳源在這一過程中可以起到一定的調節(jié)pH值的作用，避免該問題的惡化，保障微生物降解污染物的能力不被削弱。

在水產養(yǎng)殖環(huán)境中的作用穩(wěn)固水體菌藻相平衡：碳是藻類十分重要的營養(yǎng)元素，相當于是藻類的骨架。向水體中補充含碳源的物質能夠補充有機碳，穩(wěn)固水體菌藻相平衡，進而穩(wěn)定水體的pH。例如很多水產養(yǎng)殖池塘中如果水中缺碳，藻類生長緩慢或者不穩(wěn)定，補充像乙酸鈉這樣的碳源，可以為藻類的生長提供必要的碳元素，促進藻類的光合作用，增加水中的溶氧量；同時維持有益微生物在水體中的比例和活性，防止因天氣突變等原因引起水質的劇烈變化，起到穩(wěn)定養(yǎng)殖水體生態(tài)環(huán)境的作用。促進有益微生物和藻類繁殖：水體中的碳源富含發(fā)酵蛋白、同城氨基酸和還原糖時，能有助于促進有益藻類和微生物的繁殖生長，穩(wěn)定水色。水產養(yǎng)殖中的藻類可以為養(yǎng)殖生物提供氧氣、本地作為食物來源等重要作用，有益微生物則有助于分解水體中的有害物質、本地調節(jié)水體生態(tài)環(huán)境等，所以碳源通過促進它們的生長對整個養(yǎng)殖環(huán)境產生積極影響，如新生成的有益微生物能夠分解殘餌、糞便等，防止水中有機物的過度積累。