碳源是微生物生長繁殖所必需的營養(yǎng)物質(zhì)。微生物如同生物處理系統(tǒng)中的“工作者”，而碳源就像是它們的“食物”。在生物處理反應(yīng)器中，微生物需要利用碳源來維持自身的生命活動(dòng)，進(jìn)行自我增殖。例如，在傳統(tǒng)的污水處理工藝中，微生物通過攝取碳源中的碳元素構(gòu)建細(xì)胞物質(zhì)，進(jìn)而繁殖出更多的微生物個(gè)體，形成活性污泥的一部分，幫助降解污水中的有害物質(zhì)，提高系統(tǒng)處理污水的能力。污水中含有大量如脂肪、當(dāng)?shù)氐鞍踪|(zhì)、本地碳水化合物、同城有機(jī)酸等的有機(jī)污染物。碳源可促進(jìn)微生物生長，而微生物通過其代謝作用將這些復(fù)雜性有機(jī)物逐步降解轉(zhuǎn)化為二氧化碳和水等較為無害的物質(zhì)，從而達(dá)到去除污水中有機(jī)物、當(dāng)?shù)貎艋鬯哪康?。與此同時(shí)，有機(jī)物質(zhì)的降解會(huì)產(chǎn)生氫離子，如果pH值過低則對(duì)微生物生長和代謝產(chǎn)生不利作用，不過碳源在這一過程中可以起到一定的調(diào)節(jié)pH值的作用，避免該問題的惡化，保障微生物降解污染物的能力不被削弱。

在水產(chǎn)養(yǎng)殖環(huán)境中的作用穩(wěn)固水體菌藻相平衡：碳是藻類十分重要的營養(yǎng)元素，相當(dāng)于是藻類的骨架。向水體中補(bǔ)充含碳源的物質(zhì)能夠補(bǔ)充有機(jī)碳，穩(wěn)固水體菌藻相平衡，進(jìn)而穩(wěn)定水體的pH。例如很多水產(chǎn)養(yǎng)殖池塘中如果水中缺碳，藻類生長緩慢或者不穩(wěn)定，補(bǔ)充像乙酸鈉這樣的碳源，可以為藻類的生長提供必要的碳元素，促進(jìn)藻類的光合作用，增加水中的溶氧量；同時(shí)維持有益微生物在水體中的比例和活性，防止因天氣突變等原因引起水質(zhì)的劇烈變化，起到穩(wěn)定養(yǎng)殖水體生態(tài)環(huán)境的作用。促進(jìn)有益微生物和藻類繁殖：水體中的碳源富含發(fā)酵蛋白、同城氨基酸和還原糖時(shí)，能有助于促進(jìn)有益藻類和微生物的繁殖生長，穩(wěn)定水色。水產(chǎn)養(yǎng)殖中的藻類可以為養(yǎng)殖生物提供氧氣、本地作為食物來源等重要作用，有益微生物則有助于分解水體中的有害物質(zhì)、本地調(diào)節(jié)水體生態(tài)環(huán)境等，所以碳源通過促進(jìn)它們的生長對(duì)整個(gè)養(yǎng)殖環(huán)境產(chǎn)生積極影響，如新生成的有益微生物能夠分解殘餌、糞便等，防止水中有機(jī)物的過度積累。